FBI 요원 아트 제프리(Arthur 'Art' Jeffries: 브루스 윌리스 분)는 자신의 공작 활동이 실패로 돌아가자 희생양이 되며 FBI 조직에서 배척 받게 된다. 그는 배신감과 좌절감으로 괴로워하며 철저히 세상으로부터 소외당한다. 그러던 중 그는 의문의 살해를 당한 어느 부부의 어린 아들인 시몬(Simon Lynch: 미코 휴스 분)의 실종을 추적하라는 새로운 임무를 맡게 된다. 살인 현장인 집을 수색하고 마침내 시몬을 발견하게 된다. 시몬은 자폐증세가 있었으나 부모가 살해당하는 처참한 장면을 직접 목격한 후 더 자폐증 증세가 심해진다. 제프리는 본능적으로 자신이 경험한 고통과 소외감을 시몬으로부터도 느끼며 그를 경찰 감시하에 병원 진료를 받도록 한다. 그러나 시몬을 제거하려는 NSA의 음모를 눈치챈 제프리는 경찰과 NSA의 감시를 뚫고 시몬을 데리고 멀고도 험한 도주의 길을 떠난다. 보통 소년이 아닌 시몬은 컴퓨터 천재로 우연히 국방 일급비밀인 코드명 '머큐리'를 해독하게 되는데, 그것은 미국의 전 세계를 대상으로 한 스파이 활동을 보장해 주는 비밀 코드명이었다.